本研究所は、哺乳動物の研究の中で最も遅れているコウモリ類の調査研究の推進を図ると共に、その成果を一般の人たちと共有し、コウモリについての誤った知識を払拭し、コウモリと人がより良い関係で共生できるように、また、人々が享受できる豊かな自然環境が持続されるよう保全を図り、もって不特定かつ多くの人々に対する利益の増進に寄与する事を目的としています。